Модель управления программой развития будет построена на принципе распределенного управления с высокой степенью самостоятельности руководителей стратегических проектов с акцентом на систему управления по целям (management by objectives, MBO). Процесс согласования стратегических целей внутри университета и их каскадирования до уровня оперативного управления будет организован таким образом, что и руководство, и сотрудники разделяют стратегические цели, одинаково их понимают, знают, что они означают для организации. Для формирования и эффективной реализации системы MBO в университете разрабатывается специальный комплекс документов и мероприятий. MBO вводится на уровне управления программой развития университета и реализуется в рамках Управляющего совета программы развития (далее Управляющий совет), отвечающего за внедрение лучших практик и стратегическое развитие университета в целом.
На третьем этапе будет реализована программа обучения и развития управленческой команды на всех уровнях, включая последовательную сертификацию управленческой команды университета по проектному управлению (IPMA Level A – B – C –D).
В портфеле каждого стратегического проекта может быть до 7 проектов, команда которых формируется из участников консорциумов, внешних участников, а также отдельных представителей и коллективов университета. Для каждого проекта в портфеле составляется собственный устав, определяются ключевые показатели эффективности, перечень планируемых внутренних и внешних результатов, назначается руководитель.