Адекватное распределение ролей и четкое разделение обязанностей являются частью общей стратегии управления. Университет Альберта-Людвига и ТюмГУ в равной степени играют ведущую роль в управлении проектом, чтобы обеспечить непрерывность, а также извлечь выгоду из предыдущего совместного опыта.

Координатор проекта (Проф. Рески, Университет Альберта-Людвига) утверждает распределение бюджета и официально представляет проект. Исполняющий обязанности координатора проекта (проф. Вагнер, Университет Альберта-Людвига) осуществляет текущее руководство при регулярном взаимодействии с членами Координационного совета и координатором со стороны стран-партнеров д-ром Г.В. Телегиной (ТюмГУ). Регулярные совещания членов Координационного совета собирают контактных лиц от всех партнерских учреждений и, когда это возможно, проводятся совместно с другими видами деятельности. Протоколы каждого собрания записываются и распространяются между членами консорциума.

ТюмГУ координирует проект от лица стран-партнеров и является ведущим партнером, поддерживающим Университет Альберта-Людвига в области администрирования и финансовой отчетности. Он контролирует регулярный учет и архивирование проектной документации, сбор и анализ финансовых данных для стран-партнеров; обобщает и обновляет достижения проекта; наблюдает за выполнением плана работы, координирует назначенную деятельность по проекту и отчитывается перед Координатором ЕС. ТюмГУ также контролирует разработку учебных планов (РП 4 совместно с Университетом Рэдбауд), внедрение учебных курсов по управлению трансграничными водными ресурсами в пилотном режиме (РП 6 совместно с Афинским Университетом и ЮГУ) и осуществляет руководство (РП 9 совместно с Университетом Альберта-Людвига).

Роль других партнеров ЕС в области управления: участие в организации программ мобильности проектов в ЕС; оформление финансовой документации проекта; регулярное обновление их деятельности для отчетов; участие в совещаниях по принятию решений и управлению.

Ведущие партнеры по рабочим пакетам отвечают за реализацию мероприятий и отчитываются перед Координатором и Менеджером со стороны стран-партнеров.

Члены консорциума со стороны стран-партнеров в полной мере задействованы в управлении проектом. Они участвуют в отборе преподавательского состава для обучения; предоставляют информацию о деятельности по проекту в соответствии с планом работы; организуют курсы повышения квалификации для отраслевых партнеров; архивируют финансовые документы проекта; регулярно предоставляют данные для отчетов; участвуют в координационных совещаниях и принятии решений; развивают более тесное сотрудничество между членами консорциума. Междисциплинарные рабочие группы (МРГ) были созданы на вертикальном уровне (в каждом вузе-партнере) и на горизонтальном уровне в виде транс-институциональных рабочих групп (ТРГ), каждая из которых сосредоточена на конкретной задаче; их члены прошли обучение на семинарах, практикумах и дискуссионных форумах.

Основные решения принимаются демократическим путем после открытых прений и голосования на основе консенсуса. Соглашения о партнерстве обеспечивают правовую основу для гладкого решения разногласий и конфликтов, если они возникнут. Координационный совет и ТРГ пытались создать дружескую атмосферу, взаимопонимание и профессиональное взаимодействие.

При выборе персонала для всех видов деятельности учитываются интересы мало-приоритетных групп, и особое внимание уделяется созданию сбалансированной, с учетом гендерных факторов, команды.