Общее руководство Финансово-экономическим институтом осуществляет Ученый совет института, в состав которого входит 25 человек. Заседания проводятся один раз в месяц (в последний вторник).
На заседаниях Ученого совета института ежегодно отчитываются: директор о результатах своей деятельности и деятельности дирекции института в целом, определяет основные задачи и перспективы дальнейшего развития; заместители директора института и руководители структурных подразделений о результатах выполненной работы; заведующие кафедрами об итогах работы и отдельных направлениях кафедральной деятельности.
Председатель Ученого совета института - кандидат экономических наук, доцент Дарья Васильевна Лазутина
Секретарь Ученого совета института - кандидат экономических наук, доцент Анжелика Викторовна Фрицлер