Кафедра программного обеспечения образована в 1998 году. Она была организована на базе кафедры информатики и вычислительной математики (ранее - вычислительной математики и систем управления), образованной в 1973 году. Этими кафедрами, начиная с 1973 года, последовательно заведовали А.И. Кузьмичев, В.В. Зыков, И.Г. Захарова, П.К. Моор. В связи с открытием специальностей «Прикладная информатика (в экономике)» и «Математическое обеспечение и администрирование информационных систем» и для организации специализированной подготовки студентов кафедра была разделена, соответственно, на кафедру информационных систем и кафедру программного обеспечения.
Заведующий кафедрой (с 1998) – Ирина Гелиевна Захарова, кандидат физико-математических наук, доктор педагогических наук, профессор. И.Г. Захарова окончила Новосибирский госуниверситет в 1973 году по специальности «Механика, прикладная математика». Кандидатскую диссертацию «Исследование влияние тепло- и массообмена при подземном взрыве» защитила в 1982 году, докторскую диссертацию «Формирование информационной образовательной среды высшего учебного заведения» - в 2003 году. И.Г. Захарова автор более 180 научных и учебно-методических работ, активно занимается вопросами информатизации образования. Она автор более 20 учебных пособий и учебников по информационным технологиям (в том числе, 9 имеют гриф УМО), учебное пособие «Информационные технологии в образовании» выдержало 8 изданий за 10 лет.