Кафедра образована в 1998 году разделением кафедры информатики и вычислительной математики, ведущей свою историю с 1973 года. Тогда была организована кафедра вычислительной математики и систем управления, позже переименованная в кафедру информатики и вычислительной математики.
Заведующими этой кафедрой до разделения были А.И. Кузьмичев, В. В. Зыков, П. К. Моор. Кафедрой информационных систем с 1998 года заведовал П. К Моор, в 2001 году заведующим стал И. Н. Глухих, затем Г. Б. Барская. С 2003 по 2013 год зав кафедрой был А.Г.Ивашко, потом П.К.Моор, с 2014/15 учебного года - И.Н.Глухих.
По инициативе кафедры в 1995 году была открыта первая в университете специальность в области компьютерных наук «Информационные системы в бизнесе», которая затем была переименована в специальность «Прикладная информатика в экономике», ставшей одной из самых востребованных ИТ-специальностей в регионе.
В настоящее время кафедра Информационных систем готовит выпускников всех уровней образования – от бакалавров и магистров до аспирантов, кандидатов и докторов наук.
Кафедра активно участвует в реализации программ дополнительного профессионального образования. В 2002-2006г.г. её преподаватели вошли в число основных преподавателей регионального Центра интернет-образования учителей (руководитель профессор С.М.Моор).
На протяжении ряда лет кафедра проводила обучение по программам дополнительной квалификации «Web-дизайн», участвовала в реализации образовательных программ Школы дополнительного образования ТюмГУ. С 2014 года при кафедре открыт Центр сертифицированного ИТ-образования (руководитель к.т.н. И.И.Григорьева) .
С 2005 года кафедра стала первой и, на сегодня, единственной кафедрой университета, которая совместно с Институтом дистанционного образования осуществляет подготовку студентов по группе образовательных программ «Информатика и вычислительная техника» с применением дистанционных технологий.
К 2015 году кафедра полностью перешла на образовательные стандарты нового поколения, открыв обучение по программам прикладного и академического бакалавриата по таким инженерным направлениям, как «Прикладная информатика» и «Информационные системы и технологии», магистерскую программу «Прикладная информатика в экономике».
Игорь Николаевич Глухих, доктор технических наук, профессор.
Автор более 150 научных и учебно-методических трудов в области интеллектуальных систем поддержки принятия решений, методов ситуационного управления, компьютерных технологий обучения и интернет-технологий.
Основные читаемые дисциплины: Теория систем и системный анализ, теория принятия решений, интеллектуальные информационные системы, теория экономических информационных систем, интернет-маркетинг.
В университете работает с 2001 года в должностях: заведующего кафедрой Информационных систем, проректора по информационным технологиям – директора ЦИТ, и.о. директора Международного Школы финансов и бизнеса, заместителя директора по учебной работе Школы математики, естественных наук и информационных технологий.
Доктор технических наук по научной специальности 15.13.16 – Применение матмоделирования, математических методов и комплексов программ в научных исследованиях, кандидат технических наук по специальности 15.13.14 –Обработка информации и управление.
Прошел профессиональную переподготовку по специальности «Государственное и муниципальное управление».
Награжден почетной грамотой Министерства образования России, дипломами и грамотами администрации Тюменской области.
